Παρά την καλή κατάσταση διατήρησης των τειχών της αποικίας, ως αποτέλεσμα των αλλεπάλληλων επισκευών κατά τη διάρκεια της ρωμαϊκής κυριαρχίας αλλά και του μεσαιωνικού Ανεξάρτητου Κράτους της Ηπείρου, ωστόσο τα υπάρχοντα στοιχεία επιτρέπουν τη σκιαγράφηση του μεγέθους και της μορφής της μόνο από τον 5ο π.Χ. αι. και έπειτα. Έτσι, οι αλλεπάλληλοι περίβολοι, με τις διαφορετικές και ευδιάκριτες επισκευές, οδηγούν στον εντοπισμό έξι φάσεων εξέλιξης, τριών κατά την κλασική αρχαιότητα, δυο κατά τη ρωμαϊκή περίοδο και της τελευταίας κατά την υστεροβυζαντινή περίοδο (13ος - 14ος μ. Χ. αι.).

Η πρώτη φάση εξέλιξης τοποθετείται ανάμεσα στην ίδρυση της αποικίας, που εντοπίζεται περίπου στο 730/720 π.Χ., και στα τέλη του 5ου π.Χ. αι. Ωστόσο, τα αρχαιολογικά δεδομένα δεν παρέχουν επαρκή στοιχεία ώστε να συντελεστεί η σκιαγράφηση ούτε της έκτασης ούτε και της μορφής της πρώτης αυτής οικιστικής μονάδας. Βέβαια, πιθανότατα, θα επρόκειτο για μια μικρή κώμη. Επιπλέον, όστρακα αγγείων νοτιοελλαδικής προέλευσης του 6ου π.Χ. αι. που αποκαλύφθηκαν στο εσωτερικό του αρχαιότερου περιβόλου επιβεβαιώνουν την υπόθεση ότι ένα τμήμα των αποίκων εγκαταστάθηκε στην κορυφή του λόφου ενώ η πλειοψηφία κατοικούσε στην όμορη περιοχή. Προς τα τέλη του 5ου π.Χ. αι., κατασκευάστηκε, στην κορυφή του λόφου, ένα ισοδομικό τείχος 550μ περιμέτρου, το οποίο περιέκλειε έκταση μόλις 1,5 εκταρίου. Πιθανότατα, ο τειχισμένος χώρος λειτουργούσε ως ένα καταφύγιο, σε περιπτώσεις ανάγκης, για τους αποίκους που διέμεναν πλησίον ή επί του λόφου.

Η δεύτερη φάση έχει ως αφετηρία της τα τέλη του 5ου π.Χ. αι. Κατά τη διάρκεια του επόμενου αιώνα όμως, του 4ου, κατασκευάζεται ένας νέος, διευρυμένος προς τα δυτικά περίβολος, 800μ περιμέτρου για να περικλείσει πλέον μια έκταση 3,5 εκταρίων. Έτσι, το Βουχέτιο μετατρέπεται σε έναν τειχισμένο οικισμό, ικανό να φιλοξενήσει περίπου 1000 κατοίκους.

Ένας επιπλέον διευρυμένος περίβολος σε συνδυασμό με την κατάκτηση της αποικίας από τους γηγενείς Κασσωπαίους, το 343/2 π.Χ., οριοθετεί τη μετάβαση από τη δεύτερη στην τρίτη εξελικτική φάση. Έτσι, οι Κασσωπαίοι αυτή τη φορά κατασκευάζουν το νέο περίβολο, 1300μ περιμέτρου, διευρυμένου προς τη βόρεια πλευρά του λόφου. Ο τειχισμένος χώρος καλύπτει πλέον μια έκταση 8 εκταρίων. Πρόκειται δηλαδή για ένα πολίχνιο, ικανό να φιλοξενήσει περίπου 2400 κατοίκους.

Η ρωμαϊκή κατάκτηση του 167 π.Χ. ολοκληρώνει την τρίτη φάση εξέλιξης αλλά και την ελληνιστική εποχή και εισάγει το Βουχέτιο στην τέταρτη περίοδο της ιστορικής του πορείας αλλά και στην περίοδο της ρωμαιοκρατίας. Αμέσως όμως μετά την ολοκληρωτική καταστροφή της θέσης, οι νέοι κυρίαρχοί της, οι Ρωμαίοι, επισκευάζουν τους δυο αρχαιότερους περιβόλους. Ωστόσο, ο ισχυρός ΒΑ πύργος λειτουργεί πλέον όχι ως αμυντικό στοιχείο αλλά ως παρατηρητήριο. Χαρακτηριστική των μεταβολών που υπέστη η πόλη, τόσο αναφορικά με την έκταση όσο και με τον πληθυσμό, τη μορφή και τη λειτουργία της, είναι η περικλειόμενη από τα τείχη έκταση που δεν ξεπερνούσε τα 3,5 εκτάρια. Οπωσδήποτε, η ολοκληρωτική καταστροφή και η λεηλασία όπως και η υποδούλωση των κατοίκων ως συνέπεια της ρωμαϊκής κατάκτησης προκάλεσε μια σημαντική δημογραφική μείωση. Έτσι, το Βουχέτιο της τέταρτης φάσης μετατρέπεται και πάλι σε μια κώμη, ενώ ο πληθυσμός του δεν θα ξεπερνούσε τον αρχικό πληθυσμό των αποίκων.

Η πέμπτη και τελευταία φάση εξέλιξης της αποικίας, εξαιρουμένης της αντίστοιχης υστεροβυζαντινής η οποία τοποθετείται πολλούς αιώνες αργότερα, περιλαμβάνει την περίοδο της ρωμαιοκρατίας από την ίδρυση της Νικόπολης το 31 π.Χ. και έως την οριστική εγκατάλειψη της θέσης. Βέβαια, η ίδρυση της Νικόπολης θεωρείται ως σταθμός για την ιστορία ολόκληρης της Ηπείρου. Όμως, επιπλέον το Βουχέτιο απώλεσε, εκτός από ένα σημαντικό μέρος από τους λιγοστούς εναπομείναντες κατοίκους του οι οποίοι θα συνοικίστηκαν υποχρεωτικά στη Νικόπολη και τη σημασία του ως λιμάνι και ως στρατηγική θέση. Βέβαια, δεν υπάρχουν στοιχεία ή ενδείξεις για τη συνέχιση κατοίκησης της αποικίας μετά το 31 π.Χ. ή πότε εγκαταλείφθηκε οριστικά. Ωστόσο, ορισμένοι Ρωμαίοι έποικοι εγκαταστάθηκαν στις όμορες περιοχές, αξιοποιώντας τον κομβικό τους ρόλο στη διεξαγωγή εμπορίου αλλά και τα εύφορα κατάλληλα για την εκτροφή βοοειδών εδάφη.